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一、基本理論
(一)分子篩效益
一個含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經凝膠色譜柱時，各分子在柱內同時進行著兩種不同的運動：垂直向下的移動和無定向的擴散運動。大分子物質由于直徑較大，不易進入凝膠顆粒的微孔，而只能分布顆粒之間，所以在洗脫時向下移動的速度較快。小分子物質除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外，還可以進入凝膠顆粒的微孔中，即進入凝膠相內，在向下移動的過程中，從一個凝膠內擴散到顆粒間隙后再進入另一凝膠顆粒，如此不斷地進入和擴散，小分子物質的下移速度落后于大分子物質，從而使樣品中分子大的先流出色譜柱，中等分子的后流出，分子小的后流出，這種現象叫分子篩效應。具有多孔的凝膠就是分子篩。各種分子篩的孔隙大小分布有一定范圍，有大極限和小極限。分子直徑比凝膠大孔隙直徑大的，就會全部被排阻在凝膠顆粒之外，這種情況叫全排阻。
兩種全排阻的分子即使大小不同，也不能有分離效果。直徑比凝膠小孔直徑小的分子能進入凝膠的全部孔隙。如果兩種分子都能全部進入凝膠孔隙，即使它們的大小有差別，也不會有好的分離效果。因此，一定的分子篩有它一定的使用范圍。綜上所述，在凝膠色譜中會有三種情況，一是分子很小，能進入分子篩全部的內孔隙;二是分子很大，*不能進入凝膠的任何內孔隙;三是分子大小適中，能進入凝膠的內孔隙中孔徑大小相應的部分。大、中、小三類分子彼此間較易分開，但每種凝膠分離范圍之外的分子，在不改變凝膠種類的情況下是很難分離的。
對于分子大小不同，但同屬于凝膠分離范圍內各種分子，在凝膠床中的分布情況是不同的：分子較大的只能進入孔徑較大的那一部分凝膠孔隙內，而分子的可進入較多的凝膠顆粒內，這樣分子較大的在凝膠床內移動距離較短，分子較小的移動距離較長。于是分子較大的先通過凝膠床而分子較小的后通過凝膠床，這樣就利用分子篩可將分子量不同的物質分離。另外，凝膠本身具有三維網狀結構，大的分子在通過這種網狀結構上的孔隙時阻力較大，小分子通過時阻力較小。分子量大小不同的多種成份在通過凝膠床時，按照分子量大小“排隊，凝膠表現分子篩效應。
(二)色譜柱的重要參數
⑴柱體積：柱體積是指凝膠裝柱后，從柱的底板到凝膠沉積表面的體積。在色譜柱中充滿凝膠的部分稱為凝膠床，因引柱體積又稱“床”體積，常用Vt 表示。
⑵外水體積：色譜柱內凝膠顆粒間隙，這部分體積稱外水體積，亦稱間隙體積，常用Vo表示。
⑶內水體積：因為凝膠為三維網狀結構，顆粒內部仍有空間，液體可進入顆粒內部，這就分間隙的總和為內水體積，又稱定相體積，常用Vi表示。
不包括固體支持物的體積(Vg)。
⑷峰洗脫體積：是指被分離物質通過凝膠柱所需洗脫液有體積，常用Ve
表示。當使用樣品的體積很少時，(與洗脫體積比較可以忽略不計)，在洗脫圖中，從加樣到峰頂位置所用洗脫液體積為Ve。
當樣品體積與洗脫體積比較不能忽略時，洗脫體積計算可以從樣品體積的一半到峰頂位置。當樣品很大時，洗脫體積計算可以從應用樣品開始到洗脫峰升高的彎曲點(或半高處)。
⑴Sephadex
G交聯葡聚糖的商品名為Sephndex，不同規格型號的葡聚糖用英文字母G表示，G后面的阿拉伯數為凝膠得水值的10倍。例如，G-25為每克凝膠膨脹時吸水2.5克，同樣G-200克每克千膠吸水20克。交聯葡聚糖凝膠的種類有G-10，G-15，G-25，G-50，G-75，G-100，G-150，和G-200。因此，“G”反映，凝膠的交聯程度，膨脹程度及分部范圍。
⑵Sephadex LH-20，是─Sephadex G-25的羧丙基衍生物， 能溶于水及親脂溶劑，用于分離不溶于水的物質。
(二)瓊脂糖凝膠：
瓊脂糖凝膠是依靠糖鏈之間的次級鏈如氫鍵來維持網狀結構，網狀結構的疏密依靠瓊脂糖的濃度。一般情況下，它的結構是穩定的，可以在許多條件下使用(如水，pH4-9范圍內的鹽溶液)。瓊脂糖凝膠在40℃以上開始融化，也不能高壓消毒，可用化學滅菌活處理。
(三)聚丙烯酰胺凝膠：
是一種人工合成凝膠，是以丙烯酰胺為單位，
由甲叉雙丙烯酰胺交聯成的，經干燥粉碎或加工成形制成粒狀，控制交聯劑的用量可制成各種型號的凝膠。交聯劑越多，孔隙越小。聚丙烯酰胺凝膠的商品為生物膠-P (Bio-Gel P)，由美國Bio-Rod廠生產，型號很多，從P-2至P-300共10種，P 后面的數字再乘1000就相當于該凝膠的排阻限度。
(四)聚苯乙烯凝膠商品為Styrogel ， 具有大網孔結構，
可用于分離分子量1600到40，000，000的生物大分子，適用于有機多聚物，分子量測定和脂溶性天然物的分級，凝膠機械強度好，洗脫劑可用甲基亞砜。
三、實驗技術
(一)層析柱
層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。層析柱的直徑大小不影響分離度，樣品用量大，可加大柱的直徑，一般制備用凝膠柱，直徑大于2厘米，但在加樣時應將樣品均勻分布于凝膠柱床面上。此外，
直徑加大，洗脫液體體積增大，樣品稀釋度大。分離度取決于柱高，為分離不同組分，凝膠柱床必須有適宜的高度，分離度與柱高的平方根相關，但由于軟凝膠柱過高擠壓變形阻塞，一般不超過1米。分族分離時用短柱，一般凝膠柱長20-30厘米，柱高與直徑的比較5:1─10:1，凝膠床體積為樣品溶液體積的4-10倍。
分級分離時柱高與直徑之線為20:1─100:1，常用凝膠柱有50×25厘米，10×25厘米。層析柱濾板下的死體積應盡可能的小，如果支掌濾板下的死體積大，被分離組分之間重新混合的可能性就大，其結果是影響洗脫峰形，出現拖尾出象，降低分辯力。在精確分離時，死體積不能超過總床體積的1/1000。
(二)凝膠的選擇
根據所需凝膠體積，估計所需干膠的量。 一般葡聚糖凝膠吸水后的凝膠體積約為其吸水量的2倍，例Sephadex G-20的吸水量為20，1 克Sephadex G─200吸水后形成的凝膠體積約40ml。凝膠的粒度也可影響層析分離效果。粒度細胞分離效果好，但阻力大，流速慢。一般實驗室分離蛋白質采用100-200號篩目的的Sephadex G-200效果好， 脫鹽用Sephadex G-25、G-50，用粗粒，短柱，流速快。
(三)凝膠的制備
商品凝膠是干燥的顆粒使用前需直接在欲使用的洗脫液中膨脹。為了加速膨脹，可用加熱法，即在沸水浴中將濕凝膠逐漸升溫至近沸，這樣可大大中速膨脹，通常在1-2小時內即可完成。特別是在使用軟膠時， 自然膨脹需24小時至數天，而用加熱法在幾小時內就可完成。這種方法不但節約時間，而且還可消毒，除去凝膠中污染的細菌和排除膠內的空氣。
(四)樣品溶液的處理 樣品溶液如有沉淀應過濾或離心除去，如含脂類可高速離心或通過Sephadex G-15短柱除去。樣品的粘度不可大，含蛋白為超過4%，粘度高影響分離效果。上柱樣品液的體積根據凝膠床體積的分離要求確定。分離蛋白質樣品的體積為凝膠床的1-4%(一般約0.5-2ml)，進行分族分離時樣品液可為凝膠床的10%，在蛋白質溶液除鹽時，樣品可達凝膠床的20-30%。
分級分離樣品體積要小，使樣品層盡可能窄，洗脫出的峰形較好。
(五)防止微生物的污染 交聯葡聚糖和瓊脂糖都是多糖類物質，防止微生物的生長，在凝膠層析中十分重要，常用的抑菌劑有:
⑴疊氨鈉(NaN3)在凝膠層析中只要用0.02%疊氮鈉已足夠防止微生物的生長，疊氮鈉易溶一水，在20℃時約為40%;它不與蛋白質或碳水化合物相互作用，因此疊氮鈉不影響抗體活力;不會改變蛋白質和碳水化合物的層析我特性。疊氮鈉可干擾熒光標記蛋白質。
⑵可樂酮[Cl3C-C(OH)(CH3)2]在凝膠層析中使用濃度為0.01-0.02%。在微酸性溶液中它的殺菌效果比較好，在強堿性溶液中或溫度高于60℃時易引起分解而失效。
⑶乙基汞代巰基水楊酸鈉 在凝膠層析中作為抑菌劑使用濃度為0.05-0.
01%。在微酸性溶液中zui為有效。重金屬離子可使乙基代巰基的物質結合，因而包含疏基的蛋白質可在不同程度上降低它的抑菌效果。
⑷苯基汞代鹽
在凝膠層析中使用濃度為0.001-0.01%。在微堿性溶液中抑效果比較好，長時間放置時可與鹵素、硝酸根離子作用而產生沉淀;還原劑可引起此化合物分解;含疏基的物質亦可降低或抑制它的抑菌作用。
一、 實驗室要求：
凝膠色譜儀所使用流動相多為有毒的有機性試劑，實驗室要保持良好的通風條件，試劑需專柜保存。實驗室溫度需保持在10℃~35℃，濕度小于80%。周圍無腐蝕性氣體，無塵土飛揚。
二、實驗臺要求：
實驗臺要求通水電良好，電源為220V±20 V，電源頻率為50Hz±0.5 Hz，無劇烈震動。
三、儀器擺放要求：
儀器放在無陽光直射的地方，不要放在靠門、窗的地方，以減少空氣、陽光對儀器帶來的影響。
四、儀器操作：
樣品經充分溶解后，再用過濾器過濾后才可使用;流動相也需現配后，再過濾使用;所有選用試劑均需選用色譜純試劑。新色譜柱初次使用流速設置為0.2ml/min，沖洗1小時后再接檢測器。儀器需專人經培訓合格后才可使用，嚴格控制流速、壓力。
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